Ernest Rutherford upptäckte protonen år 1917. Det är en positivt laddad subatomär partikel som finns i varje atomkärna. Dess laddning är lika stor och motsatt elektronens, 1,602 gånger 10 upprundad till minus 19 coulomb. Dess massa är ungefär 1,672 gånger 10 upprundad till minus 27 kilogram, ungefär 1 836 gånger elektronens massa. Antalet protoner i en kärna avgör grundämnet. Det är atomnumret.

Protonen är en baryon, uppbyggd av två uppkvarkar och en nedkvark. Kvarkarna hålls samman av den starka kärnkraften, medierad av gluoner. Protonen är stabil i isolering, till skillnad från neutronen, som sönderfaller på cirka 15 minuter. I vissa teorier bortom standardmodellen kan protonen sönderfalla, men inget sönderfall har någonsin observerats. Protonen verkar vara stabil.

Protonens positiva laddning attraherar elektroner och gör att atomer kan bildas. Den orsakar också repulsion mellan protoner i kärnan, vilket övervinns av den starka kärnkraften. Balansen mellan dessa krafter avgör kärnans stabilitet. I stjärnor smälter protoner samman och bildar helium, vilket frigör energi. Det är solens kraftkälla.

Protonen används inom medicin för protonterapi, som riktar in sig på tumörer med exakta stråldoser. Den används inom fysik för proton-proton-kollisioner vid Large Hadron Collider. Den är en grundläggande byggsten i materian.