Ernest Rutherford ontdekte het proton in 1917. Het is een positief geladen subatomair deeltje dat zich in de kern van elk atoom bevindt. De lading ervan is gelijk en tegengesteld aan die van het elektron, 1,602 × 10⁻¹⁹ coulomb. De massa ervan is ongeveer 1,672 × 10⁻²⁷ kilogram, ruwweg 1836 keer de massa van een elektron. Het aantal protonen in een kern bepaalt het element. Dit is het atoomnummer.

Het proton is een baryon, opgebouwd uit twee up-quarks en één down-quark. De quarks worden bij elkaar gehouden door de sterke kernkracht, die wordt overgebracht door gluonen. Het proton is stabiel in isolatie, in tegenstelling tot het neutron, dat in ongeveer 15 minuten vervalt. In sommige theorieën die verder gaan dan het Standaardmodel, kan het proton wel vervallen, maar er is nog nooit een verval waargenomen. Het proton lijkt stabiel te zijn.

De positieve lading van het proton trekt elektronen aan en maakt de vorming van atomen mogelijk. Het veroorzaakt ook afstoting tussen protonen in de kern, die wordt overwonnen door de sterke kernkracht. Het evenwicht tussen deze krachten bepaalt de stabiliteit van de kern. In sterren fuseren protonen tot helium, waarbij energie vrijkomt. Dat is de energiebron van de zon.

Het proton wordt in de geneeskunde gebruikt voor protontherapie, waarbij tumoren gericht worden behandeld met nauwkeurige doses straling. In de natuurkunde wordt het gebruikt voor proton-protonbotsingen in de Large Hadron Collider. Het is een fundamentele bouwsteen van materie.