Ernest Rutherford opdagede protonen i 1917. Det er en positivt ladet subatomar partikel, der findes i kernen af ​​ethvert atom. Dens ladning er lig med og modsat elektronens, 1,602 gange 10 i minus 19 coulomb. Dens masse er omkring 1,672 gange 10 i minus 27 kilogram, hvilket er omtrent 1.836 gange elektronens masse. Antallet af protoner i en kerne bestemmer grundstoffet. Det er atomnummeret.

Protonen er en baryon, der består af to opkvarker og en nedkvark. Kvarkerne holdes sammen af ​​den stærke kernekraft, medieret af gluoner. Protonen er stabil i isolation, i modsætning til neutronen, som henfalder på omkring 15 minutter. I nogle teorier ud over standardmodellen kan protonen henfalde, men der er aldrig observeret noget henfald. Protonen ser ud til at være stabil.

Protonens positive ladning tiltrækker elektroner og tillader atomer at dannes. Den forårsager også frastødning mellem protoner i kernen, som overvindes af den stærke kernekraft. Balancen mellem disse kræfter bestemmer kernekraftens stabilitet. I stjerner smelter protoner sammen og danner helium, hvilket frigiver energi. Det er Solens energikilde.

Protonen bruges i medicin til protonterapi, som målretter tumorer med præcise doser af stråling. Den bruges i fysik til proton-proton-kollisioner i Large Hadron Collider. Den er en grundlæggende byggesten i stof.