Ernest Rutherford oppdaget protonet i 1917. Det er en positivt ladet subatomær partikkel som finnes i kjernen til hvert atom. Ladningen er lik og motsatt av elektronets, 1,602 ganger 10 opphøyd i minus 19 coulomb. Massen er omtrent 1,672 ganger 10 opphøyd i minus 27 kilogram, omtrent 1836 ganger massen til et elektron. Antall protoner i en kjerne bestemmer grunnstoffet. Det er atomnummeret.

Protonet er et baryon, laget av to oppkvarker og én nedkvark. Kvarkene holdes sammen av den sterke kjernekraften, mediert av gluoner. Protonet er stabilt i isolasjon, i motsetning til nøytronet, som henfaller på omtrent 15 minutter. I noen teorier utover standardmodellen kan protonet henfalle, men det har aldri blitt observert noe henfall. Protonet ser ut til å være stabilt.

Protonens positive ladning tiltrekker elektroner og lar atomer dannes. Den forårsaker også frastøting mellom protoner i kjernen, som overvinnes av den sterke kjernekraften. Balansen mellom disse kreftene bestemmer kjernestabiliteten. I stjerner smelter protoner sammen og danner helium, og frigjør energi. Det er solens kraftkilde.

Protonet brukes i medisin til protonterapi, som retter seg mot svulster med presise strålingsdoser. Det brukes i fysikk til proton-proton-kollisjoner ved Large Hadron Collider. Det er en grunnleggende byggestein i materie.