Radar kan se et fly, men den kan ikke alltid identifisere det. Transponderen løser dette. Når en bakkeradar foretar en avspørring, svarer transponderen med en kode og ofte høydeinformasjon, slik at flygelederne kan matche blinket med en flyvning.

Moduser er viktige. Modus A gir en firesifret squawk-kode. Modus C legger til trykkhøyde. Modus S inkluderer en unik flyadresse og støtter datalink. Moderne ADS-B-systemer kringkaster posisjon direkte, som et supplement til radardekningen.

Vanlige squawk-koder

• 1200, visuelle flyregler i USA
• 7500, kapring
• 7600, radiofeil
• 7700, generell nødsituasjon

Flygeledere tildeler koder for å identifisere spesifikke flyvninger. Piloter må stille dem inn riktig, og en feil kode kan forstyrre hele trafikkbildet i travle perioder.