Le plancton animal, c'est-à-dire les organismes qui dérivent et ne peuvent remonter les courants, est appelé zooplancton. Il comprend des protozoaires minuscules, des larves de poissons et d'invertébrés, ainsi que des krills, des méduses et des salpes de plus grande taille. La plupart se nourrissent de phytoplancton ou d'autres zooplanctons, constituant ainsi des maillons essentiels des réseaux trophiques marins.

De nombreuses espèces de zooplancton effectuent des migrations verticales quotidiennes, remontant à la surface la nuit pour se nourrir et redescendant le jour pour échapper aux prédateurs. Ce comportement constitue l'un des plus importants mouvements animaux synchronisés sur Terre. La biomasse et la composition des communautés de zooplancton réagissent rapidement aux variations de température, de productivité et de prédation, ce qui en fait des indicateurs sensibles de l'état des écosystèmes.

L'échantillonnage traditionnel utilise des filets de différentes mailles ; les méthodes optiques et acoustiques ainsi que l'ADN environnemental accroissent les capacités d'observation. Le zooplancton transférant l'énergie des producteurs primaires aux poissons et aux mammifères marins, sa dynamique influence la productivité des pêcheries et l'efficacité de la pompe biologique de carbone.

• Composante animale du plancton
• Relier le phytoplancton aux niveaux trophiques supérieurs
• Beaucoup migrent verticalement chaque jour
• Indicateurs sensibles des changements océaniques