En ocasiones, los estados soberanos se unen en una alianza flexible que preserva su independencia a la vez que crea instituciones comunes limitadas. Este tipo de acuerdo se denomina confederación. La autoridad central existe únicamente por delegación y, por lo general, puede ser revocada.

Entre los ejemplos históricos se incluyen los Artículos de la Confederación en los inicios de Estados Unidos y la Confederación Suiza antes de su transformación en federación. Los Estados miembros conservan el derecho a anular las decisiones centrales o a retirarse. La toma de decisiones a nivel central suele requerir unanimidad o mayorías cualificadas, lo que puede generar bloqueos.

Las confederaciones suelen formarse para la defensa mutua o la coordinación económica, y se disuelven o se consolidan en federaciones cuando su estructura flexible resulta insuficiente. La Unión Europea presenta algunas características confederales junto con otras más integradas. La principal diferencia con una federación radica en la soberanía residual de los miembros y la debilidad de la autoridad central directa sobre los individuos.

Los órganos centrales de una confederación actúan más sobre los estados que sobre los ciudadanos.