化学标记可以在不改变DNA序列的情况下沉默基因。DNA甲基化是指在DNA上添加甲基，通常是添加到CpG二核苷酸中的胞嘧啶碱基上。启动子区域的高甲基化通常会抑制转录。

甲基化模式在发育过程中建立，并可通过甲基转移酶在细胞分裂过程中维持。环境因素、年龄和疾病状态都会改变甲基化谱。异常甲基化可通过沉默抑癌基因或激活癌基因而促进癌症的发生。

研究人员利用亚硫酸氢盐测序和芯片技术绘制甲基化图谱。在哺乳动物中，甲基化对于X染色体失活和基因组印记至关重要。去甲基化药物被用于某些癌症疗法中，以重新激活沉默的基因。这种标记是可逆的，将环境与长期基因调控联系起来。

• 在DNA上添加甲基
• 通常发生在 CpG 位点
• 通常抑制基因表达
• 通过细胞分裂遗传