يمكن للعلامات الكيميائية إسكات الجينات دون تغيير التسلسل الأساسي. مثيلة الحمض النووي هي إضافة مجموعة ميثيل، عادةً إلى قواعد السيتوزين في ثنائيات نيوكليوتيدات CpG. عادةً ما تؤدي المثيلة الكثيفة في مناطق المحفز إلى كبح النسخ.

يتحدد نمط المثيلة خلال مراحل النمو، ويمكن الحفاظ عليه عبر انقسامات الخلايا بواسطة إنزيمات ناقلة الميثيل. وتؤثر العوامل البيئية والعمر والحالات المرضية على أنماط المثيلة. وتساهم المثيلة غير الطبيعية في الإصابة بالسرطان عن طريق إسكات الجينات الكابتة للأورام أو تنشيط الجينات الورمية.

يستخدم الباحثون تقنيات تسلسل البيسلفيت وطرق المصفوفات لرسم خرائط المثيلة. في الثدييات، تُعدّ المثيلة ضرورية لتعطيل الكروموسوم X والبصمة الجينية. تُستخدم الأدوية المُزيلة للمثيلة في بعض علاجات السرطان لإعادة تنشيط الجينات المُثبّطة. هذه العلامة قابلة للعكس، ما يربط البيئة بتنظيم الجينات على المدى الطويل.

• إضافة مجموعات الميثيل إلى الحمض النووي
• يحدث عادة في مواقع CpG
• غالباً ما يثبط التعبير الجيني
• قابلة للتوريث عن طريق انقسام الخلايا