Znaczniki chemiczne mogą wyciszać geny bez zmiany sekwencji bazowej. Metylacja DNA polega na dodaniu grupy metylowej, zazwyczaj do zasad cytozyny w dinukleotydach CpG. Silna metylacja w regionach promotorowych zazwyczaj hamuje transkrypcję.

Wzorzec metylacji kształtuje się w trakcie rozwoju i może być utrzymywany poprzez podziały komórkowe za pomocą enzymów metylotransferazy. Czynniki środowiskowe, wiek i stany chorobowe zmieniają profile metylacji. Nieprawidłowa metylacja przyczynia się do rozwoju raka poprzez wyciszanie genów supresorowych lub aktywację onkogenów.

Naukowcy mapują metylację za pomocą sekwencjonowania bisulfitowego i metod opartych na macierzach. U ssaków metylacja jest niezbędna do inaktywacji chromosomu X i imprintingu genomowego. Leki demetylujące są stosowane w niektórych terapiach przeciwnowotworowych w celu reaktywacji wyciszonych genów. Znak ten jest odwracalny, łącząc środowisko z długoterminową regulacją genów.

• Dodanie grup metylowych do DNA
• Zwykle występuje w miejscach CpG
• Często hamuje ekspresję genów
• Dziedziczone przez podział komórek