Güneş sadece ışık yaymaz. Aynı zamanda uzaya sürekli bir yüklü parçacık akışı da gönderir. Bu akışa güneş rüzgarı denir. Çoğunlukla elektron ve protonlardan oluşur, birkaç ağır iyon da içerir ve saniyede yüzlerce kilometre hızla hareket eder. Güneş'in manyetik alanını da beraberinde taşır ve Plüton'un çok ötesine uzanan heliosfer adı verilen bir balon oluşturur.

Güneş rüzgarı, tüm güneş sistemini şekillendirir. Kuyruklu yıldızların kuyruklarını Güneş'ten uzaklaştırır. Gezegenlerin manyetosferlerini şekillendirir. Dünya'nın manyetik alanıyla etkileşime girdiğinde kutup ışıklarını oluşturur. Ayrıca milyarlarca yıl boyunca gezegen atmosferlerini aşındırır. Mars, atmosferini kısmen, gezegenin manyetik alanı kapandıktan sonra güneş rüzgarının onu alıp götürmesi nedeniyle kaybetti.

Rüzgar sabit değildir. Güneş'in her 11 yılda bir zirve yapan aktivite döngüsüyle değişir. Açık manyetik alan bölgeleri olan koronal delikler, hızlı rüzgar akımları üretir. Koronal kütle püskürmeleri güçlü rüzgar esintileri oluşturur. Hızlı bir akım yavaş bir akıma yetiştiğinde, jeomanyetik fırtınaları tetikleyebilecek eş dönen bir etkileşim bölgesi oluşturur.

Güneş rüzgarı sonunda yavaşlar ve heliopause'da yıldızlararası ortamla karışır. Voyager 1, 2012'de bu sınırı geçerek yıldızlararası uzaya giren ilk uzay aracı oldu.