Ο Ήλιος δεν εκπέμπει απλώς φως. Επίσης, εκπέμπει μια συνεχή ροή φορτισμένων σωματιδίων στο διάστημα. Αυτή η ροή είναι ο ηλιακός άνεμος. Αποτελείται κυρίως από ηλεκτρόνια και πρωτόνια, με μερικά βαρύτερα ιόντα, που ταξιδεύουν με εκατοντάδες χιλιόμετρα ανά δευτερόλεπτο. Μεταφέρει μαζί του το μαγνητικό πεδίο του Ήλιου, δημιουργώντας μια φυσαλίδα που ονομάζεται ηλιόσφαιρα και εκτείνεται πολύ πέρα ​​από τον Πλούτωνα.

Ο ηλιακός άνεμος διαμορφώνει ολόκληρο το ηλιακό σύστημα. Φυσάει τις ουρές των κομητών μακριά από τον Ήλιο. Χαράζει τις μαγνητόσφαιρες των πλανητών. Δημιουργεί σέλαος όταν αλληλεπιδρά με το μαγνητικό πεδίο της Γης. Επίσης, διαβρώνει τις πλανητικές ατμόσφαιρες για δισεκατομμύρια χρόνια. Ο Άρης έχασε την ατμόσφαιρά του εν μέρει επειδή ο ηλιακός άνεμος την απομάκρυνε μετά το κλείσιμο του μαγνητικού πεδίου του πλανήτη.

Ο άνεμος δεν είναι σταθερός. Ποικίλλει ανάλογα με τον κύκλο δραστηριότητας του Ήλιου, ο οποίος κορυφώνεται κάθε 11 χρόνια. Οι στεμματικές οπές, περιοχές ανοιχτού μαγνητικού πεδίου, παράγουν γρήγορα ρεύματα ανέμου. Οι στεμματικές εκτινάξεις μάζας παράγουν ισχυρές ριπές. Όταν ένα γρήγορο ρεύμα προλαβαίνει ένα αργό, δημιουργεί μια περιοχή συν-περιστροφής αλληλεπίδρασης που μπορεί να προκαλέσει γεωμαγνητικές καταιγίδες.

Ο ηλιακός άνεμος τελικά επιβραδύνεται και αναμειγνύεται με το διαστρικό μέσο στην ηλιόπαυση. Το Voyager 1 διέσχισε αυτό το όριο το 2012, καθιστώντας το πρώτο διαστημόπλοιο που εισήλθε στον διαστρικό χώρο.