Прежде чем система сможет рассуждать о предметной области, ей необходим общий словарь. Онтология определяет понятия в предметной области, взаимосвязи между ними и правила, ограничивающие их сочетание. Это формальный план для понимания смысла.

Онтологии отличаются от таксономий. Таксономия классифицирует объекты по категориям. Онтология же добавляет свойства, отношения и логические аксиомы. Например, в онтологии генов гены связаны с молекулярными функциями, биологическими процессами и клеточными компонентами посредством определенных отношений.

Общие компоненты онтологии

• Классы, представляющие концепции
• Свойства, описывающие атрибуты
• Связи, соединяющие сущности
• Аксиомы, ограничивающие интерпретацию
• Экземпляры, заполняющие модель

Создание такой системы требует многих лет и сотрудничества экспертов. После создания онтологии поддерживают интеграцию данных, семантический поиск и автоматизированное логическое мышление. Они являются основой биомедицинской информатики и, все чаще, корпоративных систем знаний.