系统在对某个领域进行推理之前，需要一套共享的词汇表。本体论规定了领域中的概念、概念之间的关系以及约束它们组合方式的规则。它是意义的正式蓝图。

本体论与分类法有所不同。分类法将事物归类，而本体论则在此基础上添加了属性、关系和逻辑公理。例如，在基因本体论中，基因通过定义的关联关系与分子功能、生物过程和细胞组分联系起来。

通用本体组件

• 表示概念的类
• 描述属性的属性
• 实体间的关系
• 约束解释的公理
• 模型中的实例

构建本体需要数年时间和专家协作。一旦构建完成，本体即可支持数据集成、语义搜索和自动推理。它们是生物医学信息学的基石，并且日益成为企业知识系统的基石。