قبل أن يتمكن أي نظام من فهم مجال معين، يحتاج إلى مفردات مشتركة. يحدد علم الوجود المفاهيم في هذا المجال، والعلاقات بينها، والقواعد التي تحكم كيفية دمجها. إنه بمثابة مخطط رسمي للمعنى.

تختلف الأنطولوجيا عن التصنيفات. فالتصنيف يصنف الأشياء إلى فئات، بينما تضيف الأنطولوجيا خصائص وعلاقات ومسلمات منطقية. ففي أنطولوجيا الجينات، على سبيل المثال، ترتبط الجينات بالوظائف الجزيئية والعمليات البيولوجية والمكونات الخلوية من خلال علاقات محددة.

مكونات الأنطولوجيا المشتركة

• فئات تمثل المفاهيم
• خصائص تصف السمات
• العلاقات التي تربط الكيانات
• البديهيات التي تقيد التفسير
• الحالات التي تملأ النموذج

يتطلب بناء الأنطولوجيا سنوات من الخبرة والتعاون بين الخبراء. وبمجرد بنائها، تدعم الأنطولوجيا تكامل البيانات، والبحث الدلالي، والاستدلال الآلي. وهي تُشكل العمود الفقري للمعلوماتية الطبية الحيوية، وتتزايد أهميتها في أنظمة المعرفة المؤسسية.