किसी प्रणाली द्वारा किसी विषय पर तर्क करने से पहले, उसे एक साझा शब्दावली की आवश्यकता होती है। एक ऑन्टोलॉजी किसी विषय में अवधारणाओं, उनके बीच संबंधों और उनके संयोजन को नियंत्रित करने वाले नियमों को निर्दिष्ट करती है। यह अर्थ के लिए एक औपचारिक खाका है।

ऑन्टोलॉजी, टैक्सोनॉमी से भिन्न होती है। टैक्सोनॉमी चीजों को श्रेणियों में वर्गीकृत करती है। ऑन्टोलॉजी में गुण, संबंध और तार्किक सिद्धांत जोड़े जाते हैं। उदाहरण के लिए, जीन ऑन्टोलॉजी में, जीन को परिभाषित संबंधों के माध्यम से आणविक कार्यों, जैविक प्रक्रियाओं और कोशिकीय घटकों से जोड़ा जाता है।

सामान्य ऑन्टोलॉजी घटक

• अवधारणाओं का प्रतिनिधित्व करने वाली कक्षाएं
• विशेषताओं का वर्णन करने वाले गुण
• संस्थाओं को जोड़ने वाले संबंध
• व्याख्या को सीमित करने वाले स्वयंसिद्ध
• मॉडल को आबाद करने वाले उदाहरण

एक ऑन्टोलॉजी बनाने में वर्षों लग जाते हैं और विशेषज्ञों के सहयोग की आवश्यकता होती है। एक बार बन जाने के बाद, ऑन्टोलॉजी डेटा एकीकरण, अर्थपूर्ण खोज और स्वचालित तर्क में सहायक होती हैं। ये जैव चिकित्सा सूचना विज्ञान और तेजी से विकसित हो रहे उद्यम ज्ञान प्रणालियों की रीढ़ हैं।