Antes de um sistema poder raciocinar sobre um domínio, necessita de um vocabulário partilhado. Uma ontologia especifica os conceitos num domínio, as relações entre eles e as regras que restringem a forma como se combinam. É um modelo formal para o significado.

As ontologias diferem das taxonomias. Uma taxonomia organiza as coisas em categorias. Uma ontologia acrescenta propriedades, relações e axiomas lógicos. Na Ontologia de Genes, por exemplo, os genes estão associados a funções moleculares, processos biológicos e componentes celulares através de relações definidas.

Componentes comuns de ontologia

• Classes que representam conceitos
• Propriedades que descrevem atributos
• Relações que ligam entidades
• Axiomas que restringem a interpretação
• Instâncias que populam o modelo

A construção de uma ontologia demora anos e exige a colaboração de especialistas. Uma vez construídas, as ontologias suportam a integração de dados, a pesquisa semântica e o raciocínio automatizado. São a espinha dorsal da informática biomédica e, cada vez mais, dos sistemas de conhecimento empresariais.