Antes de que un sistema pueda razonar sobre un dominio, necesita un vocabulario compartido. Una ontología especifica los conceptos de un dominio, las relaciones entre ellos y las reglas que rigen su combinación. Es un modelo formal para la definición de significado.

Las ontologías se diferencian de las taxonomías. Una taxonomía clasifica los elementos en categorías. Una ontología añade propiedades, relaciones y axiomas lógicos. En la Ontología Genética, por ejemplo, los genes están vinculados a funciones moleculares, procesos biológicos y componentes celulares mediante relaciones definidas.

Componentes ontológicos comunes

• Clases que representan conceptos
• Propiedades que describen atributos
• Relaciones que conectan entidades
• Axiomas que limitan la interpretación
• Instancias que pueblan el modelo

Construir una ontología requiere años y la colaboración de expertos. Una vez construidas, las ontologías permiten la integración de datos, la búsqueda semántica y el razonamiento automatizado. Son la base de la informática biomédica y, cada vez más, de los sistemas de gestión del conocimiento empresariales.