Înainte ca un sistem să poată raționa despre un domeniu, are nevoie de un vocabular comun. O ontologie specifică conceptele dintr-un domeniu, relațiile dintre ele și regulile care constrâng modul în care acestea se combină. Este un model formal pentru semnificație.

Ontologiile diferă de taxonomii. O taxonomie sortează lucrurile în categorii. O ontologie adaugă proprietăți, relații și axiome logice. În ontologia genetică, de exemplu, genele sunt legate de funcții moleculare, procese biologice și componente celulare prin relații definite.

Componente comune ale ontologiei

• Clase care reprezintă concepte
• Proprietăți care descriu atribute
• Relații care conectează entități
• Axiomele care constrâng interpretarea
• Instanțele care populează modelul

Construirea uneia necesită ani și colaborarea experților. Odată construite, ontologiile susțin integrarea datelor, căutarea semantică și raționamentul automatizat. Ele reprezintă coloana vertebrală a informaticii biomedicale și, din ce în ce mai mult, a sistemelor de cunoștințe ale întreprinderilor.