Før et system kan ræsonnere om et domæne, har det brug for et fælles ordforråd. En ontologi specificerer begreberne i et domæne, relationerne mellem dem og de regler, der begrænser, hvordan de kombineres. Det er en formel plan for mening.

Ontologier adskiller sig fra taksonomier. En taksonomi sorterer ting i kategorier. En ontologi tilføjer egenskaber, relationer og logiske aksiomer. I genontologien er gener for eksempel knyttet til molekylære funktioner, biologiske processer og cellulære komponenter gennem definerede relationer.

Fælles ontologikomponenter

• Klasser, der repræsenterer koncepter
• Egenskaber, der beskriver attributter
• Relationer, der forbinder enheder
• Aksiomer, der begrænser fortolkning
• Instanser, der udfylder modellen

Det tager år og ekspertsamarbejde at bygge en. Når den først er bygget, understøtter ontologier dataintegration, semantisk søgning og automatiseret ræsonnement. De er rygraden i biomedicinsk informatik og i stigende grad i virksomhedens videnssystemer.