系統在對某個領域進行推理之前，需要一套共享的詞彙表。本體論規定了領域中的概念、概念之間的關係以及約束它們組合方式的規則。它是意義的正式藍圖。

本體論與分類法有所不同。分類法將事物歸類，而本體論則在此基礎上添加了屬性、關係和邏輯公理。例如，在基因本體論中，基因透過定義的關聯關係與分子功能、生物過程和細胞組分聯繫起來。

通用本體組件

• 表示概念的類別
• 描述屬性的屬性
• 實體間的關係
• 約束解釋的公理
• 模型中的實例

建構本體需要數年時間和專家協作。一旦建置完成，本體即可支援資料整合、語意搜尋和自動推理。它們是生物醫學資訊學的基石，並且日益成為企業知識系統的基石。