Προτού ένα σύστημα μπορέσει να συλλογιστεί σχετικά με έναν τομέα, χρειάζεται ένα κοινό λεξιλόγιο. Μια οντολογία καθορίζει τις έννοιες σε έναν τομέα, τις σχέσεις μεταξύ τους και τους κανόνες που περιορίζουν τον τρόπο με τον οποίο συνδυάζονται. Είναι ένα επίσημο σχέδιο για το νόημα.

Οι οντολογίες διαφέρουν από τις ταξινομίες. Μια ταξινόμηση ταξινομεί τα πράγματα σε κατηγορίες. Μια οντολογία προσθέτει ιδιότητες, σχέσεις και λογικά αξιώματα. Στην Οντολογία Γονιδίων, για παράδειγμα, τα γονίδια συνδέονται με μοριακές λειτουργίες, βιολογικές διεργασίες και κυτταρικά συστατικά μέσω καθορισμένων σχέσεων.

Κοινά στοιχεία οντολογίας

• Κλάσεις που αναπαριστούν έννοιες
• Ιδιότητες που περιγράφουν χαρακτηριστικά
• Σχέσεις που συνδέουν οντότητες
• Αξιώματα που περιορίζουν την ερμηνεία
• Στιγμιότυπα που συμπληρώνουν το μοντέλο

Η κατασκευή μιας οντολογίας απαιτεί χρόνια και συνεργασία ειδικών. Μόλις κατασκευαστούν, οι οντολογίες υποστηρίζουν την ενοποίηση δεδομένων, τη σημασιολογική αναζήτηση και την αυτοματοποιημένη συλλογιστική. Αποτελούν τη ραχοκοκαλιά της βιοϊατρικής πληροφορικής και, ολοένα και περισσότερο, των συστημάτων γνώσης των επιχειρήσεων.