Mielőtt egy rendszer következtetéseket tudna levonni egy adott területről, szüksége van egy közös szókincsre. Az ontológia meghatározza a terület fogalmait, a közöttük lévő kapcsolatokat és azokat a szabályokat, amelyek korlátozzák a kombinálásukat. Ez a jelentés formális tervrajza.

Az ontológiák különböznek a taxonómiáktól. A taxonómia kategóriákba rendezi a dolgokat. Az ontológia tulajdonságokat, kapcsolatokat és logikai axiómákat ad hozzá. A Gén Ontológiában például a gének meghatározott kapcsolatokon keresztül kapcsolódnak molekuláris funkciókhoz, biológiai folyamatokhoz és sejtkomponensekhez.

Közös ontológiai komponensek

• Fogalmakat reprezentáló osztályok
• Attribútumokat leíró tulajdonságok
• Entitásokat összekötő kapcsolatok
• Az értelmezést korlátozó axiómák
• A modellt feltöltő példányok

Egy ilyen felépítése éveket és szakértői együttműködést igényel. Felépítés után az ontológiák támogatják az adatintegrációt, a szemantikus keresést és az automatizált érvelést. Ezek a biomedicinális informatika, és egyre inkább a vállalati tudásrendszerek gerincét alkotják.