Før et system kan resonnere om et domene, trenger det et delt vokabular. En ontologi spesifiserer begrepene i et domene, forholdene mellom dem og reglene som begrenser hvordan de kombineres. Det er en formell plan for mening.

Ontologier er forskjellige fra taksonomier. En taksonomi sorterer ting i kategorier. En ontologi legger til egenskaper, relasjoner og logiske aksiomer. I genontologien er for eksempel gener knyttet til molekylære funksjoner, biologiske prosesser og cellulære komponenter gjennom definerte relasjoner.

Vanlige ontologikomponenter

• Klasser som representerer konsepter
• Egenskaper som beskriver attributter
• Relasjoner som forbinder enheter
• Aksiomer som begrenser tolkning
• Forekomster som fyller ut modellen

Det tar år og ekspertsamarbeid å bygge en. Når ontologier først er bygget, støtter de dataintegrasjon, semantisk søk ​​og automatisert resonnering. De er ryggraden i biomedisinsk informatikk og i økende grad i kunnskapssystemer for bedrifter.