Innan ett system kan resonera kring en domän behöver det ett gemensamt ordförråd. En ontologi specificerar begreppen inom en domän, relationerna mellan dem och de regler som begränsar hur de kombineras. Det är en formell ritning för mening.

Ontologier skiljer sig från taxonomier. En taxonomi sorterar saker i kategorier. En ontologi lägger till egenskaper, relationer och logiska axiom. I genontologin, till exempel, är gener kopplade till molekylära funktioner, biologiska processer och cellulära komponenter genom definierade relationer.

Vanliga ontologikomponenter

• Klasser som representerar koncept
• Egenskaper som beskriver attribut
• Relationer som förbinder enheter
• Axiomer som begränsar tolkning
• Instanser som fyller modellen

Att bygga en sådan tar år och expertsamarbete. När ontologier väl är byggda stöder de dataintegration, semantisk sökning och automatiserat resonemang. De är ryggraden i biomedicinsk informatik och i allt högre grad i företagens kunskapssystem.