Το σώμα δεν έχει καμία χρησιμότητα για τα περισσότερα φάρμακα αφού έχουν κάνει τη δουλειά τους. Η απέκκριση είναι ο τρόπος με τον οποίο τα αποβάλλει. Τα νεφρά κάνουν το μεγαλύτερο μέρος της δουλειάς, φιλτράροντας τα φάρμακα και τους μεταβολίτες τους από το αίμα στα ούρα. Το ήπαρ προσθέτει μια δεύτερη οδό, συσκευάζοντας ορισμένα φάρμακα στη χολή που αδειάζει στο έντερο και φεύγει με τα κόπρανα. Οι πνεύμονες, ο ιδρώτας, το σάλιο και το μητρικό γάλα χειρίζονται μικρότερες ποσότητες.

Η νεφρική λειτουργία είναι ο κύριος καθοριστικός παράγοντας για το πόσο καιρό ένα φάρμακο παραμένει στον οργανισμό. Οι ασθενείς με μειωμένη νεφρική λειτουργία μπορεί να χρειάζονται χαμηλότερες δόσεις ή διαφορετικά φάρμακα. Η κάθαρση κρεατινίνης, μια απλή εξέταση αίματος, εκτιμά πόσο καλά φιλτράρουν τα νεφρά και καθοδηγεί τις αποφάσεις δοσολογίας. Η ηπατική λειτουργία έχει επίσης σημασία, ειδικά για φάρμακα που μεταβολίζονται πριν από την απέκκριση. Και τα δύο όργανα φθίνουν με την ηλικία, γι' αυτό και οι ηλικιωμένοι ασθενείς συχνά χρειάζονται προσαρμοσμένες δόσεις.

Οδοί απέκκρισης:

• Νεφρική. Τα νεφρά φιλτράρουν τα φάρμακα και τα μεταφέρουν στα ούρα. Η κύρια οδός μεταφοράς των περισσότερων φαρμάκων.
• Χοληφόρα. Το ήπαρ απεκκρίνει φάρμακα στη χολή, η οποία εισέρχεται στο έντερο.
• Πνευμονικό. Οι πνεύμονες εκπνέουν πτητικά φάρμακα όπως αναισθητικά.
• Άλλο. Ιδρώτας, σάλιο, δάκρυα και μητρικό γάλα.

Ο χρόνος ημιζωής είναι ο χρόνος που χρειάζεται ο οργανισμός για να αποβάλει τη μισή δόση ενός φαρμάκου. Εξαρτάται τόσο από τον μεταβολισμό όσο και από την απέκκριση και καθορίζει πόσο συχνά πρέπει να λαμβάνεται ένα φάρμακο.