Δεν είναι όλα τα νερά ίδια. Κάποια είναι ασφαλή για πόση, κάποια υποστηρίζουν τα ψάρια, κάποια είναι πολύ μολυσμένα και για τα δύο. Η ποιότητα του νερού μετράει πόσο κατάλληλο είναι το νερό για μια συγκεκριμένη χρήση. Η ποιότητα του πόσιμου νερού έχει διαφορετικά πρότυπα από το νερό για άρδευση ή αναψυχή.

Ο Νόμος περί Καθαρού Νερού στις Ηνωμένες Πολιτείες, που ψηφίστηκε το 1972, καθιέρωσε τη βασική δομή για τη ρύθμιση της ρύπανσης των υδάτων. Παρόμοιοι νόμοι υπάρχουν και σε άλλες χώρες. Οι επιστήμονες μετρούν δεκάδες παραμέτρους: θερμοκρασία, pH, διαλυμένο οξυγόνο, θολότητα, επίπεδα θρεπτικών συστατικών, βακτήρια, βαρέα μέταλλα και άλλα. Κάθε μία από αυτές αφηγείται ένα διαφορετικό μέρος της ιστορίας.

Κοινοί δείκτες ποιότητας νερού

• Διαλυμένο οξυγόνο: απαραίτητο για τα ψάρια και την υδρόβια ζωή
• pH: μετρά την οξύτητα ή την αλκαλικότητα
• Θολότητα: θολότητα από αιωρούμενα σωματίδια
• Νιτρικά και φωσφορικά άλατα: θρεπτικά συστατικά που μπορούν να προκαλέσουν άνθηση των φυκιών
• Κολοβακτηρίδια κοπράνων: σηματοδοτούν μόλυνση των λυμάτων

Η ποιότητα του νερού ποικίλλει ανάλογα με την τοποθεσία και την εποχή. Ένα ρυάκι που ρέει καθαρά την άνοιξη μπορεί να γίνει πράσινο με φύκια μέχρι τον Αύγουστο. Οι έντονες βροχοπτώσεις ξεπλένουν τους ρύπους από τους δρόμους και τα αγροκτήματα στα ποτάμια. Οι δοκιμές συνήθως γίνονται σε συγκεκριμένα σημεία σε συγκεκριμένες ώρες, πράγμα που σημαίνει ότι τα δεδομένα είναι ένα στιγμιότυπο, όχι η συνολική εικόνα. Τα καλά προγράμματα παρακολούθησης λαμβάνουν δειγματοληψίες τακτικά και σε πολλές τοποθεσίες.