Phải có một tổ chức điều hành cảng như một hệ thống. Cơ quan quản lý cảng là tổ chức—công hoặc tư—chịu trách nhiệm quản lý cơ sở hạ tầng, hoạt động, an toàn và thường cả phát triển thương mại của cảng.

Các chức năng điển hình bao gồm duy trì luồng lạch và bến tàu, phân bổ không gian đất và nước, thiết lập biểu phí, thực thi các quy định và điều phối hoa tiêu, tàu kéo và lực lượng an ninh. Một số cơ quan tự vận hành các nhà ga; những cơ quan khác đóng vai trò là chủ sở hữu đất cho các nhà khai thác nhà ga tư nhân. Mô hình quản trị rất đa dạng tùy theo từng quốc gia.

Các cơ quan quản lý cảng hiệu quả cần cân bằng giữa tăng trưởng thương mại với an toàn và bảo vệ môi trường. Họ là đầu mối liên hệ chính với các nhà khai thác tàu biển về các quy định, lệ phí và mức độ dịch vụ địa phương. Các quyết định đầu tư của cơ quan quản lý sẽ định hình vị thế cạnh tranh của cảng trong nhiều thập kỷ.

• Tổ chức quản lý cơ sở hạ tầng và hoạt động của cảng.
• Quản lý an toàn, thuế quan và phân bổ không gian.
• Có thể vận hành nhà ga hoặc đóng vai trò là chủ sở hữu bất động sản.
• Định hình khả năng cạnh tranh dài hạn của cảng.