Dygnsrytmer är de ungefär 24-timmarscykler som styr sömn och vakenhet, kroppstemperatur, hormonfrisättning och många andra fysiologiska processer. De genereras internt men styrs av externa signaler, särskilt ljus.

Huvudklockan sitter i hypotalamus kärna suprakiasmatisk. Den tar emot direkta signaler från specialiserade fotoreceptorer i näthinnan som känner av omgivande ljusnivåer. I sin tur koordinerar den perifera klockor i hela kroppen via neurala och hormonella signaler, inklusive nattlig frisättning av melatonin från tallkottkörteln. När den externa dag-nattcykeln skiftar – som vid jetlag eller nattarbete – justeras den inre klockan bara gradvis, vilket ger de välbekanta symtomen på trötthet och störd sömn.

Individuella skillnader i dygnsrytmen, ofta kallad kronotyp, sträcker sig från tidiga "lärkor" till sent opererande "ugglor". Tonåren medför vanligtvis en förskjutning mot senare timing, vilket kolliderar med tidiga skolscheman. Störningar i dygnsrytmen är kopplade till metabola problem, humörstörningar och minskad kognitiv prestation.

Kroppen håller tiden även när klockor och kalendrar saknas. Det inre dygnet är den cirkadiska rytmen.