सर्कैडियन लय लगभग 24 घंटे के चक्र होते हैं जो नींद और जागने, शरीर के तापमान, हार्मोन के स्राव और कई अन्य शारीरिक प्रक्रियाओं को नियंत्रित करते हैं। ये आंतरिक रूप से उत्पन्न होते हैं लेकिन बाहरी संकेतों, विशेष रूप से प्रकाश द्वारा नियंत्रित होते हैं।

शरीर की मुख्य घड़ी हाइपोथैलेमस के सुप्राचियास्मैटिक न्यूक्लियस में स्थित होती है। यह रेटिना में मौजूद विशेष फोटोरिसेप्टर्स से सीधा इनपुट प्राप्त करती है जो आसपास के प्रकाश के स्तर का पता लगाते हैं। बदले में, यह तंत्रिका और हार्मोनल संकेतों के माध्यम से पूरे शरीर की परिधीय घड़ियों को समन्वित करती है, जिसमें पीनियल ग्रंथि से रात के समय मेलाटोनिन का स्राव भी शामिल है। जब बाहरी दिन-रात का चक्र बदलता है—जैसे कि जेट लैग या नाइट शिफ्ट में काम करने पर—तो आंतरिक घड़ी धीरे-धीरे ही समायोजित हो पाती है, जिससे थकान और नींद में गड़बड़ी जैसे सामान्य लक्षण दिखाई देते हैं।

व्यक्तिगत स्तर पर सर्कैडियन लय में भिन्नता पाई जाती है, जिसे अक्सर क्रोनोटाइप कहा जाता है। यह जल्दी उठने वाले "लार्क" से लेकर देर रात तक जागने वाले "आउल" तक हो सकती है। किशोरावस्था में आमतौर पर सोने का समय देर से होने लगता है, जो स्कूल के शुरुआती शेड्यूल से मेल नहीं खाता। सर्कैडियन लय में गड़बड़ी चयापचय संबंधी समस्याओं, मनोदशा संबंधी विकारों और संज्ञानात्मक क्षमता में कमी से जुड़ी होती है।

शरीर समय का हिसाब रखता है, भले ही घड़ियाँ और कैलेंडर मौजूद न हों। यही आंतरिक दिन हमारी लय है।