Døgnrytmer er de cirka 24-timers cyklusser, der styrer søvn og vågenhed, kropstemperatur, hormonfrigivelse og mange andre fysiologiske processer. De genereres internt, men styres af eksterne signaler, især lys.

Hoveduret sidder i den suprachiasmatiske kerne i hypothalamus. Det modtager direkte input fra specialiserede fotoreceptorer i nethinden, der registrerer omgivende lysniveauer. Til gengæld koordinerer det perifere ure i hele kroppen via neurale og hormonelle signaler, herunder frigivelsen af ​​melatonin fra pinealkirtlen om natten. Når den eksterne dag-nat-cyklus ændrer sig - som ved jetlag eller nattevagt - justerer det indre ur sig kun gradvist, hvilket producerer de velkendte symptomer på træthed og forstyrret søvn.

Individuelle forskelle i døgnrytmen, ofte kaldet kronotype, spænder fra tidligt opvågne "lærker" til sent opererende "ugler". Ungdomsårene medfører typisk et skift mod senere timing, hvilket kolliderer med tidlige skoleskemaer. Forstyrrelser i døgnrytmen er forbundet med stofskifteproblemer, humørforstyrrelser og reduceret kognitiv præstation.

Kroppen holder styr på tiden, selv når ure og kalendere er fraværende. Den indre dag er døgnrytmen.