Rytmy dobowe to około 24-godzinne cykle, które regulują sen i czuwanie, temperaturę ciała, wydzielanie hormonów i wiele innych procesów fizjologicznych. Są one generowane wewnętrznie, ale stymulowane przez bodźce zewnętrzne, zwłaszcza światło.

Zegar główny znajduje się w jądrze nadskrzyżowaniowym podwzgórza. Otrzymuje bezpośrednie sygnały ze specjalistycznych fotoreceptorów w siatkówce, które wykrywają poziom światła otoczenia. Z kolei koordynuje on zegary obwodowe w całym ciele za pośrednictwem sygnałów neuronalnych i hormonalnych, w tym nocne uwalnianie melatoniny z szyszynki. Kiedy zewnętrzny cykl dzień-noc ulega przesunięciu – jak w przypadku jet lagu lub pracy na nocną zmianę – zegar wewnętrzny przestawia się jedynie stopniowo, powodując znane objawy zmęczenia i zaburzeń snu.

Indywidualne różnice w preferencjach dobowych, często nazywane chronotypem, wahają się od wcześnie wstających „skowronków” do późno działających „sów”. Okres dojrzewania zazwyczaj wiąże się z późniejszym wstawaniem, co koliduje z wczesnymi godzinami szkolnymi. Zaburzenie rytmów dobowych wiąże się z problemami metabolicznymi, zaburzeniami nastroju i obniżoną sprawnością poznawczą.

Ciało odmierza czas nawet wtedy, gdy nie ma zegarów i kalendarzy. Ten wewnętrzny dzień to rytm dobowy.