A cirkadián ritmusok nagyjából 24 órás ciklusok, amelyek az alvást és az ébrenlétet, a testhőmérsékletet, a hormonok felszabadulását és számos más fiziológiai folyamatot szabályoznak. Belsőleg generálódnak, mégis külső ingerek, különösen a fény befolyásolják őket.

A fő óra a hipotalamusz suprachiasmatikus magjában található. Közvetlen bemenetet kap a retinában található specializált fotoreceptoroktól, amelyek érzékelik a környezeti fényszintet. Viszont koordinálja a perifériás órákat az egész testben idegi és hormonális jelek révén, beleértve a melatonin éjszakai felszabadulását a tobozmirigyből. Amikor a külső nappal-éjszaka ciklus eltolódik – mint például a jetlag vagy az éjszakai műszakos munka esetén –, a belső óra csak fokozatosan igazodik át, ami a fáradtság és az alvászavarok ismerős tüneteit okozza.

A cirkadián ritmusbeli preferenciák, amelyeket gyakran kronotípusnak is neveznek, egyéni különbségek között szerepelnek a korán kelő „pacsirták” és a későn működő „baglyok”. A serdülőkor jellemzően a későbbi időpontok felé tolódik el, ami ütközik a korai iskolai órarenddel. A cirkadián ritmusok felborulása anyagcsere-problémákkal, hangulatzavarokkal és a csökkent kognitív teljesítménnyel jár.

A test akkor is tartja az időt, ha nincsenek órák és naptárak. Ez a belső nap a cirkadián ritmus.