Жизнь не ограничивается морским дном. Организмы, обитающие на дне, в нем или непосредственно над ним, в совокупности называются бентосом. К ним относятся микробы и крошечные ракообразные, живущие между песчинками, а также крупные крабы, морские звезды и донные рыбы.

Мягкие осадки служат средой обитания для зарывающейся в грунт фауны; твердые субстраты поддерживают эпифауну, которая прикрепляется к поверхности или ползает по ней. Пища поступает в виде опускающихся частиц с поверхности или производится локально путем хемосинтеза в гидротермальных источниках и выходах. Глубина, температура, содержание кислорода и тип субстрата оказывают сильное влияние на то, какие виды встречаются в водоемах.

Донные сообщества перерабатывают органические вещества, рециркулируют питательные вещества и составляют основу многих пищевых цепей, которые в конечном итоге поддерживают коммерческое рыболовство. Они также являются чувствительными индикаторами загрязнения, повреждений от траления и климатических изменений содержания кислорода и температуры. Для отбора проб донного биома используются грейферы, керны, тралы или дистанционно управляемые подводные аппараты, каждый из которых подходит для разных местообитаний и задач.

Даже в самых глубоких траншеях обитают специализированные донные животные, приспособленные к экстремальным условиям и нехватке пищи.