Het leven beperkt zich niet tot de zeebodem. Organismen die op, in of direct boven de bodem leven, worden gezamenlijk het benthos genoemd. Dit varieert van microben en kleine schaaldieren die tussen de zandkorrels leven tot grote krabben, zeesterren en bodemvissen.

Zachte sedimenten bieden een leefgebied aan ingravende zeedieren; harde substraten ondersteunen epifauna die zich vasthecht of kruipt. Voedsel komt aan als zinkende deeltjes vanaf het oppervlak of wordt lokaal geproduceerd door chemosynthese bij hydrothermale bronnen en kwelplekken. Diepte, temperatuur, zuurstof en substraattype hebben een sterke invloed op welke soorten er voorkomen.

Benthische gemeenschappen verwerken organisch materiaal, recyclen voedingsstoffen en vormen de basis van vele voedselwebben die uiteindelijk de commerciële visserij ondersteunen. Ze zijn ook gevoelige indicatoren voor vervuiling, schade door trawlvisserij en door het klimaat veroorzaakte veranderingen in zuurstof en temperatuur. Het bemonsteren van de benthos vereist grijpers, kernboringen, sleepnetten of op afstand bestuurbare voertuigen, elk geschikt voor verschillende habitats en onderzoeksvragen.

Zelfs in de diepste troggen leven gespecialiseerde bodemdieren die zijn aangepast aan extreme druk en schaars voedsel.