Gener er ikke det eneste som endrer seg. Kromosommutasjoner endrer strukturen eller antallet av hele kromosomer og påvirker ofte mange gener samtidig. Disse endringene kan oppstå under DNA-replikasjon, reparasjon eller kromosomsegregering.

Strukturelle mutasjoner inkluderer delesjoner, duplikasjoner, inversjoner og translokasjoner. Numeriske mutasjoner produserer aneuploidi. Store delesjoner eller duplikasjoner forårsaker ofte utviklingssyndromer fordi gendoseringen forstyrres. Balanserte translokasjoner har kanskje ingen umiddelbar effekt på bæreren, men fører likevel til ubalanserte gameter.

Cytogenetiske teknikker som karyotyping og kromosomal mikroarray oppdager disse omorganiseringene. Noen kromosomale mutasjoner er kompatible med liv; andre resulterer i spontanabort eller alvorlig funksjonshemming. Studier av dem avdekker kritiske genomiske regioner og informerer prenatal diagnostikk.

• Endring i kromosomstruktur eller antall
• Inkluderer slettinger, duplikasjoner og aneuploidi
• Påvirker ofte flere gener
• Oppdaget ved cytogenetiske metoder