原始定序資料本身並不能提供答案。它是一個包含大量短序列的檔案。將該文件轉換為基因變異清單需要一系列計算步驟。這一系列步驟構成了一個生物資訊學流程。每個步驟都會接收前一步的輸出，對其進行轉換，然後傳遞給下一步。此流程最終會產生可解釋的結果：變異位點、基因表現譜或分類資訊。

典型的DNA定序流程包含多個階段。品質控制階段去除低品質序列和接頭序列。比對階段將序列比對到參考基因組。變異檢測階段辨識樣本與參考基因組的差異位點。註釋階段加入基因、調控元件和已知變異的資訊。過濾階段去除可能的假陽性結果。每個階段都有影響結果的參數，而參數的調整既是一門藝術，也是一門科學。

流程必須可復現。如果結果無法復現，則不可信。諸如 Nextflow、Snakemake 和 Galaxy 之類的工作流程管理系統會追蹤步驟、記錄參數並打包環境。它們使得幾個月後重新運行分析並獲得相同結果成為可能。此外，它們還支援與合作者分享分析結果。

這條管道並不光鮮亮麗，它只是管道系統。但如果沒有它，現代生物學就會被自己的數據淹沒。