A nyers szekvenálási adatok nem jelentenek választ. Ezek egy fájl, tele rövid leolvasásokkal. Ennek a fájlnak a genetikai variánsok listájává alakítása egy sor számítási lépést igényel. Ez a sorozat egy bioinformatikai folyamat. Minden lépés az előző lépés kimenetét veszi, átalakítja, és továbbadja. A folyamat valami értelmezhetővel végződik: egy variáns azonosítással, egy génexpressziós profillal, egy taxonómiai osztályozással.

Egy tipikus DNS-szekvenálási folyamat több szakaszból áll. A minőségellenőrzés eltávolítja a gyenge minőségű leolvasásokat és adaptereket. Az igazítás a leolvasásokat egy referencia genomhoz rendeli. A variánshívás azonosítja azokat a pozíciókat, ahol a minta eltér a referenciától. Az annotáció információkat ad a génekről, szabályozó elemekről és az ismert variánsokról. A szűrés eltávolítja a valószínűsíthető álpozitív eredményeket. Minden szakasznak vannak olyan paraméterei, amelyek befolyásolják az eredményt, és ezek finomhangolása részben művészet, részben tudomány.

A folyamatoknak reprodukálhatónak kell lenniük. Ha egy eredmény nem reprodukálható, akkor nem lehet megbízni benne. A munkafolyamat-kezelő rendszerek, mint például a Nextflow, a Snakemake és a Galaxy, nyomon követik a lépéseket, rögzítik a paramétereket és csomagolják a környezetet. Lehetővé teszik, hogy hónapokkal később újra lefuttassuk az elemzést, és ugyanazt a választ kapjuk. Azt is lehetővé teszik, hogy az elemzést megosszuk a munkatársakkal.

A csővezeték nem elbűvölő. Ez vízvezeték. De nélküle a modern biológia a saját adataiban fuldokolna.