कच्चा अनुक्रमण डेटा कोई उत्तर नहीं है। यह छोटी-छोटी रीड्स से भरी एक फ़ाइल है। उस फ़ाइल को आनुवंशिक भिन्नताओं की सूची में बदलने के लिए कई गणनात्मक चरणों की आवश्यकता होती है। यह श्रृंखला एक जैवसूचना विज्ञान पाइपलाइन है। प्रत्येक चरण पिछले चरण के आउटपुट को लेता है, उसे रूपांतरित करता है और आगे भेजता है। पाइपलाइन के अंत में कुछ व्याख्या योग्य परिणाम प्राप्त होता है: एक भिन्नता का नाम, एक जीन अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल, या एक वर्गीकरण।

डीएनए अनुक्रमण की एक सामान्य प्रक्रिया में कई चरण होते हैं। गुणवत्ता नियंत्रण निम्न-गुणवत्ता वाले रीड्स और एडेप्टर को हटाता है। संरेखण रीड्स को एक संदर्भ जीनोम से मैप करता है। वेरिएंट कॉलिंग उन स्थानों की पहचान करता है जहां नमूना संदर्भ से भिन्न होता है। एनोटेशन जीन, नियामक तत्वों और ज्ञात वेरिएंट के बारे में जानकारी जोड़ता है। फ़िल्टरिंग संभावित गलत सकारात्मक परिणामों को हटाता है। प्रत्येक चरण में ऐसे पैरामीटर होते हैं जो परिणाम को प्रभावित करते हैं, और उन्हें समायोजित करना कुछ हद तक कला है और कुछ हद तक विज्ञान।

पाइपलाइनें पुनरुत्पादनीय होनी चाहिए। यदि परिणाम पुनरुत्पादित नहीं किया जा सकता है, तो उस पर भरोसा नहीं किया जा सकता है। नेक्स्टफ्लो, स्नेकमैक और गैलेक्सी जैसे वर्कफ़्लो प्रबंधन सिस्टम चरणों को ट्रैक करते हैं, मापदंडों को रिकॉर्ड करते हैं और वातावरण को पैकेज करते हैं। ये सिस्टम महीनों बाद भी विश्लेषण को दोबारा चलाने और वही परिणाम प्राप्त करने में सक्षम बनाते हैं। साथ ही, ये सहयोगियों के साथ विश्लेषण साझा करना भी संभव बनाते हैं।

पाइपलाइन कोई आकर्षक चीज़ नहीं है। यह तो बस एक तरह की बुनियादी ढांचा है। लेकिन इसके बिना आधुनिक जीव विज्ञान अपने ही आंकड़ों में डूब जाएगा।