杏仁核是位于颞叶深处的一个杏仁状小结构。它在情绪处理（尤其是恐惧和攻击性）以及记忆的情感色彩方面起着核心作用。

感觉信息通过快速的皮层下通路和较慢的皮层通路到达杏仁核。快速通路允许在刺激被完全识别之前做出快速的防御反应；较慢的通路则允许进行更细致的评估。杏仁核损伤会导致恐惧感显著丧失，并且无法识别他人面部的恐惧表情。杏仁核过度活跃与焦虑症以及创伤后应激障碍的侵入性记忆有关。

杏仁核并非独立运作。它与海马体相互作用，使情绪事件在记忆中占据特殊地位；与前额叶皮层相互作用，调节情绪反应；并与脑干相互作用，触发情绪的生理反应。它不仅对威胁做出反应，也对积极奖励和诸如面部表情等社会线索做出反应。

当一个突如其来的声音使人心跳加速，而大脑还没来得及判断声音的来源时，杏仁核就已经开始工作了。