Amigdala, temporal lobun derinliklerinde yer alan küçük, badem şeklinde bir yapıdır. Özellikle korku ve saldırganlık gibi duyguların işlenmesinde ve hafızanın duygusal renklendirilmesinde merkezi bir rol oynar.

Duyusal bilgiler, hem hızlı bir subkortikal yol hem de daha yavaş bir kortikal yol aracılığıyla amigdala'ya ulaşır. Hızlı yol, uyaran tam olarak tanımlanmadan önce hızlı savunma tepkilerine olanak tanır; daha yavaş yol ise daha incelikli bir değerlendirmeye izin verir. Amigdala hasarı, korku duygusunun belirgin bir şekilde kaybolmasına ve başkalarının yüzündeki korkuyu tanıma yeteneğinin kaybına neden olabilir. Aşırı aktivite, anksiyete bozukluklarında ve travma sonrası stres bozukluğunun rahatsız edici anılarında rol oynar.

Amigdala tek başına çalışmaz. Duygusal olaylara hafızada ayrıcalıklı bir yer kazandırmak için hipokampusla, duygusal tepkileri düzenlemek için prefrontal korteksle ve duyguların bedensel belirtilerini tetiklemek için beyin sapıyla etkileşim halindedir. Sadece tehditlere değil, olumlu ödüllere ve yüz ifadeleri gibi sosyal ipuçlarına da tepki verir.

Ani bir ses kalbin hızlanmasına neden olurken zihin henüz kaynağını adlandıramamışsa, amigdala çoktan görevini tamamlamıştır.