Amygdala är en liten mandelformad struktur djupt inne i tinningloben. Den är central för bearbetningen av känslor, särskilt rädsla och aggression, och för den emotionella färgningen av minnet.

Sensorisk information når amygdalan både via en snabb subkortikal väg och en långsammare kortikal väg. Den snabba vägen möjliggör snabba defensiva reaktioner innan stimulansen är helt identifierad; den långsammare vägen möjliggör en mer nyanserad bedömning. Skador på amygdalan kan orsaka en slående förlust av rädsla och en oförmåga att känna igen rädsla i andras ansikten. Överaktivitet är inblandad i ångestsyndrom och i de påträngande minnena av posttraumatisk stress.

Amygdalan fungerar inte isolerat. Den interagerar med hippocampus för att ge känslomässiga händelser deras privilegierade plats i minnet, med prefrontala cortex för att reglera känslomässiga reaktioner och med hjärnstammen för att utlösa kroppsliga tecken på känslor. Den reagerar inte bara på hot utan också på positiva belöningar och sociala signaler som ansiktsuttryck.

När ett plötsligt ljud får hjärtat att rusa innan hjärnan har namngett källan, har amygdalan redan gjort sitt arbete.