De amygdala is een kleine, amandelvormige structuur diep in de temporale kwab. Het speelt een centrale rol in de verwerking van emoties, met name angst en agressie, en in de emotionele kleuring van herinneringen.

Sensorische informatie bereikt de amygdala via zowel een snelle subcorticale route als een langzamere corticale route. De snelle route maakt snelle verdedigingsreacties mogelijk voordat de stimulus volledig is geïdentificeerd; de langzamere route maakt een meer genuanceerde beoordeling mogelijk. Beschadiging van de amygdala kan leiden tot een opvallend verlies van angst en een onvermogen om angst in de gezichten van anderen te herkennen. Overactiviteit speelt een rol bij angststoornissen en bij de intrusieve herinneringen van posttraumatische stress.

De amygdala werkt niet geïsoleerd. Ze werkt samen met de hippocampus om emotionele gebeurtenissen een bevoorrechte plaats in het geheugen te geven, met de prefrontale cortex om emotionele reacties te reguleren en met de hersenstam om de lichamelijke signalen van emotie op te roepen. Ze reageert niet alleen op bedreigingen, maar ook op positieve beloningen en sociale signalen zoals gezichtsuitdrukkingen.

Wanneer een plotseling geluid de hartslag verhoogt voordat de geest de bron heeft kunnen benoemen, heeft de amygdala zijn werk al gedaan.