एंपिरोनल लोब के भीतर स्थित बादाम के आकार की एक छोटी संरचना एमिग्डाला है। यह भावनाओं, विशेष रूप से भय और आक्रामकता, के प्रसंस्करण और स्मृति को भावनात्मक रंग देने में केंद्रीय भूमिका निभाती है।

संवेदी जानकारी एमिग्डाला तक दो मार्गों से पहुँचती है: एक तेज़ सबकॉर्टिकल मार्ग और एक धीमा कॉर्टिकल मार्ग। तेज़ मार्ग उत्तेजना की पूरी पहचान होने से पहले ही त्वरित रक्षात्मक प्रतिक्रियाएँ देने में सहायक होता है; धीमा मार्ग अधिक सूक्ष्म मूल्यांकन की अनुमति देता है। एमिग्डाला को क्षति पहुँचने से भय की भावना में उल्लेखनीय कमी आ सकती है और दूसरों के चेहरों में भय को पहचानने में असमर्थता हो सकती है। इसकी अतिसक्रियता चिंता विकारों और आघातजन्य तनाव के बाद उत्पन्न होने वाली अप्रिय यादों से जुड़ी हुई है।

अमिगडाला अकेले काम नहीं करता। यह हिप्पोकैम्पस के साथ मिलकर भावनात्मक घटनाओं को स्मृति में विशेष स्थान देता है, प्रीफ्रंटल कॉर्टेक्स के साथ मिलकर भावनात्मक प्रतिक्रियाओं को नियंत्रित करता है, और ब्रेनस्टेम के साथ मिलकर भावनाओं के शारीरिक संकेतों को प्रकट करता है। यह न केवल खतरों पर प्रतिक्रिया करता है, बल्कि सकारात्मक पुरस्कारों और चेहरे के भाव जैसे सामाजिक संकेतों पर भी प्रतिक्रिया करता है।

जब कोई अचानक सुनाई देने वाली आवाज से दिल की धड़कन तेज हो जाती है, इससे पहले कि दिमाग उस आवाज के स्रोत का नाम बता पाए, तब तक एमिग्डाला अपना काम कर चुका होता है।