Az amigdala egy apró, mandula alakú struktúra a halántéklebeny mélyén. Központi szerepet játszik az érzelmek, különösen a félelem és az agresszió feldolgozásában, valamint az emlékezet érzelmi színezésében.

Az érzékszervi információk gyors szubkortikális és lassabb kérgi útvonalon is elérik az amygdalát. A gyors útvonal gyors védekező válaszokat tesz lehetővé, mielőtt az inger teljesen azonosításra kerülne; a lassabb útvonal árnyaltabb értékelést tesz lehetővé. Az amygdala sérülése a félelemérzet feltűnő elvesztését és a mások arcán megjelenő félelem felismerésének képtelenségét okozhatja. A túlműködés összefüggésben áll a szorongásos zavarokkal és a poszttraumás stressz tolakodó emlékeivel.

Az amygdala nem elszigetelten működik. Kölcsönhatásba lép a hippocampusszal, hogy az érzelmi eseményeknek kitüntetett helyet biztosítson a memóriában, a prefrontális kéreggel szabályozza az érzelmi válaszokat, és az agytörzzsel váltja ki az érzelmek testi jeleit. Nemcsak a fenyegetésekre reagál, hanem a pozitív jutalmakra és a társas jelzésekre, például az arckifejezésekre is.

Amikor egy hirtelen hang felgyorsítja a szívverést, mielőtt az elme megnevezhetné a forrást, az amigdala már elvégezte a dolgát.