Amygdala je malá mandlovitá struktura hluboko v temporálním laloku. Je ústřední pro zpracování emocí, zejména strachu a agrese, a pro emoční zbarvení paměti.

Senzorické informace se dostávají do amygdaly jak rychlou subkortikální cestou, tak pomalejší kortikální cestou. Rychlá cesta umožňuje rychlé obranné reakce předtím, než je podnět plně identifikován; pomalejší cesta umožňuje jemnější hodnocení. Poškození amygdaly může vést k výrazné ztrátě strachu a neschopnosti rozpoznat strach ve tvářích druhých. Nadměrná aktivita se podílí na úzkostných poruchách a vtíravých vzpomínkách na posttraumatický stres.

Amygdala nefunguje izolovaně. Interaguje s hipokampem, aby emocionálním událostem poskytla jejich privilegované místo v paměti, s prefrontálním kortexem, aby reguloval emoční reakce, a s mozkovým kmenem, aby spouštěl tělesné projevy emocí. Reaguje nejen na hrozby, ale také na pozitivní odměny a sociální signály, jako je výraz obličeje.

Když náhlý zvuk rozbuší srdce dříve, než mysl stihne pojmenovat zdroj, amygdala již vykonala svou práci.