Samma fonem låter inte alltid identiskt. En allofon är en kontextberoende fonetisk variant av ett fonem som inte ändrar ordbetydelsen på det språket.

Engelska aspirerade [pʰ] i pin och oaspirerade [p] i spin är allofoner till /p/. Talare behandlar dem som "samma ljud" även om instrument uppvisar tydliga skillnader. Vilka varianter som räknas som allofoner är språkspecifikt; en kontrast på ett språk kan vara en automatisk variation på ett annat.

Fonologer upptäcker allofoner genom att kontrollera komplementär distribution och brist på minimala par. Transkriptionsövning tvingar elever att lägga märke till detaljer som deras ursprungliga fonologi vanligtvis filtrerar bort. Allofoniska regler är en central del av ett språks ljudmönster.

• Förutsägbar fonetisk variant av ett fonem
• Skapar inte betydelseskillnader i språket
• Ofta i komplementär distribution
• Språkspecifik snarare än universell