浅い海水に完全に浸かって生育する顕花植物は、海草類である。海草類は世界中の沿岸地域に群落を形成し、柔らかい堆積物に根を張り、澄んだ浅い水を通して差し込む太陽光からエネルギーを得ている。

海草藻場は、堆積物の安定化、水質の改善、土壌への炭素貯蔵、そして商業的に重要な魚類や無脊椎動物の生育場所の提供といった役割を果たします。また、ウミガメ、マナティー、ジュゴン、その他多くの小型草食動物の餌にもなります。海草は良好な水質と十分な光を必要とするため、沿岸生態系の健全性を示す指標として非常に有用です。

脅威としては、藻類の繁殖を促進し光量を減少させる栄養汚染、浚渫や錨による物理的な撹乱、そして気温上昇などが挙げられる。修復プロジェクトでは、海草の移植や地域の水質改善が行われており、成功率はまちまちだが改善傾向にある。既存の海草群落を保護することは、失われた後に修復を試みるよりも一般的に効果的である。

健康な海草が1ヘクタールあれば、数万匹の魚を支え、何世紀にもわたって炭素を地中に埋めることができる。