細菌通常會協調相關基因的表達。操縱子是由一組基因組成，它們在共同的啟動子和操縱序列的控制下，共同轉錄成一條單一的信使RNA。大腸桿菌的乳糖操縱子就是一個典型的例子。

當阻遏蛋白與操縱序列結合時，轉錄被阻斷。誘導分子或其他訊號解除阻遏，使基因得以表現。這種高效的機制使細胞能夠快速回應環境變化，例如營養物質的供應。

操縱子在真核生物中較為罕見，因為真核生物的基因通常是單獨轉錄的。合成生物學家建構人工操縱子，以在工程化的迴路中控制多個基因。這個概念對於理解原核生物基因調控仍然至關重要。

• 共轉錄細菌基因簇
• 由同一發起人和運營者控制
• 允許協調表達
• 經典的例子是乳糖操縱子。