Внутри тканей многих кораллов, гигантских моллюсков и анемонов обитают одноклеточные водоросли, известные как зооксантеллы. Эти динофлагелляты осуществляют фотосинтез и передают значительную часть образующихся органических соединений своему животному-хозяину, который, в свою очередь, обеспечивает им защиту и доступ к питательным веществам в бедных питательными веществами тропических водах.

Партнерство между кораллами является основой продуктивности коралловых рифов. Зооксантеллы также способствуют ярким цветам здоровых кораллов. Когда кораллы испытывают стресс из-за жары или других факторов, они могут выбрасывать свои зооксантеллы и обесцвечиваться, теряя как цвет, так и основной источник энергии. Различные генетические типы зооксантелл обеспечивают разную степень термостойкости, что лежит в основе некоторых стратегий восстановления рифов.

Для рифообразующих кораллов на мелководье эти взаимоотношения представляют собой облигатный симбиоз; без зооксантелл они не могут откладывать карбонат кальция достаточно быстро для построения рифов. Изучение разнообразия и физиологии этих водорослей имеет решающее значение для понимания того, как рифы могут реагировать на потепление океана.

В тканях одного кораллового полипа могут содержаться миллионы клеток зооксантелл.